Existem mais de 6100 espécies descritas de tripes, distribuídas em cerca de 780 gêneros (ThripsWiki 2016). A ordem Thysanoptera está agrupada em duas subordens: Terebrantia e Tubulifera. Alguns estudos usando dados morfológicos e moleculares confirmam que estas subordens constituem grupos-irmãos (Mound et al. 1980; Mound & Morris 2007; Buckman et al. 2013). Estes dois grupos são facilmente distinguidos: as fêmeas de Terebrantia apresentam um ovipositor externo em forma de serra e último segmento abdominal é cônico ou levemente arredondado, enquanto que os Tubulifera possuem o último segmento abdominal em forma de tubo e as fêmeas não possuem ovipositor externo.

Tradicionalmente são reconhecidas nove famílias para a ordem, oito destas estão incluídas em Terebrantia (Aeolothripidae, Fauriellidae, Heterothripidae, Melanthripidae, Merothripidae, Stenurothripidae, Thripidae, Uzelothripidae), e apenas uma em Tubulifera (Phlaeothripidae) (Mound et al. 1980, Mound & Marullo 1998). Segundo Mound (1983), as famílias Thripidae e Phlaeothripidae, que constituem os grupos mais derivados da ordem, compreendem cerca de 90% do total de espécies descritas de Thysanoptera. As famílias Fauriellidae, Melanthripidae e Stenurothripidae não possuem representantes no Brasil. Bhatti (1994, 1998, 2006) propôs uma classificação alternativa, baseada em características morfológicas, que divide os tripes em duas ordens (Terebrantia e Tubulifera) e cerca de 40 famílias, algumas delas com um único representante. No entanto, essa classificação não tem sido aceita pela maioria dos especialistas, principalmente por não seguir os princípios da sistemática filogenética e não considerar as relações de parentesco entre os táxons. 

Na página ThripsWiki é possível acessar os nomes científicos e classificação das mais de 6000 espécies de Thysanoptera.